Seit Beginn der NATO-Luftangriffe erschüttert die Auseinandersetzung um die rotgrüne Kriegsbeteiligung die Grüne Partei. Sie fand ihren Höhepunkt mit dem Bielefelder Sonderparteitag, wo die Mehrheit der aus der Friedensbewegung stammenden Grünen die deutsche Beteiligung am ersten NATO-Krieg der Geschichte billigte, die Friedensinitiativen des grünen Außenministers ausdrücklich unterstützte, deutlich die Art der Kriegführung kritisierte und eine befristete Aussetzung der Luftangriffe zur Beförderung einer Verhandlungslösung forderte. Damit bekannten sich die Grünen weiterhin zu ihrer Mitverantwortung für eine möglichst schnelle Beendigung von Krieg und Vertreibung im Kosovo.

Folgende Stellungnahme "Krieg in Afghanistan - "Bundeswehr im Krieg"!? von Winfried Nachtwei findet sich hier:

Kriseneinsätze, Auslandseinsätze, Friedensmissionen - dazu gibt es in der Gesellschaft mehr Pauschalmeinung als Kenntnis, mehr "Ferndiagnose" als Erfahrung. Hier eine Liste meiner Berichte und Beiträge (1995-2009) zum GENAUEREN HINSEHEN - in Respekt vor den Frauen und Männern, die von Bundesregierung und Bundestag in strapaziöse, oft riskante, in der Regel UN-mandatierte multinationale Kriseneinsätze entsandt wurden.  

Das neue Afghanistankonzept der Bundesregierung bewertet Winfried Nachtwei wie folgt::

Am 30. September wird der Bundestag über den Antrag der Bundesregierung abstimmen, das Mandat für die Beteiligung von bis zu 2.250 Bundeswehrsoldaten, davon bis zu 450 in der Region Kunduz, an der NATO-geführten International Security Assistance Force (ISAF) für weitere zwölf Monate zu verlängern. Grundlage ist die vom VN-Sicherheitsrat am 17. September einstimmig beschlossene Verlängerung des ISAF-Mandats.

Zum Antrag der Bundesregierung auf "Fortsetzung des Einsatzes bewaffneter deutscher Streitkräfte bei der Unterstützung der gemeinsamen Reaktion auf terroristische Angriffe gegen die USA auf Grundlage des Artikels 51 der Satzung der Vereinten Nationen und des Artikels 5 des Nordatlantikvertrags sowie der Resolutionen 1368 (2001) und 1373 (2001) des Sicherheitsrates der Vereinten Nationen" machte Winfried Nachtwei im Deutschen Bundestag folgende Ausführungen:

Zur Forderung nach einem kurzfristigen Truppenabzug aus Afghanistan hat Winfried Nachtwei folgende Stellungnahme "Kurswechsel statt Sofortabzug"
verfasst:

Folgende Anmerkungen zum aktuellen Stand der Zivilen Krisenprävention macht Winfried Nachtwei. Sein Fazit: Ihre Stärkung ist notwendiger denn je.

Folgende Stellungnahme verfasste Winfried Nachtwei zur geplanten erhöhten Obergrenze des deutschen ISAF-Kontingents:

In heutigen Kriseneinsätzen engagiert sich eine Vielzahl sehr unterschiedlicher Akteure - staatliche und nichtstaatliche, diplomatische, zivile, militärische, polizeiliche ... Wann ein Zusammenwirken nötig und nützlich oder das Gegenteil ist, unter welchen Bedingungen ein  nötiges Zusammenwirken auch produktiv wird, das klar zu haben, ist für den Erfolg eines Kriseneinsatzes von zentraler Bedeutung. Dazu erarbeitete eine interessant zusammengesetzte Arbeitsgruppe den Diskussionsbeitrag "Politisches Engagement in Konflikten - Optimierung der Interaktion zwischen zivilen und militärischen Akteuren".