Nachdem Murat Kurnaz Vorwürfe erhoben hatte, er sei während seiner Inhaftierung in Kandahar, Afghanistan und vor seiner Verschleppung nach Guantánamo durch deutsche Bundeswehrsoldaten misshandelt worden, konstituierte sich Ende 2006 der Verteidigungsausschuss als Untersuchungsausschuss, um diese Vorgänge aufzuklären. Damit ergab sich zugleich die Möglichkeit, fünf Jahre nach dem Einsatz des Kommandos Spezialkräfte der Bundeswehr (KSK) die Geheimhaltung über diesen ersten Spezialeinsatz der Bundeswehr im Rahmen der Operation Enduring Freedom (OEF) ein wenig zu lüften und die 2002 völlig fehlende parlamentarische Kontrolle nachzuholen.

Folgenden Entschließungsantrag verfasste die Bundestagsfraktion anlässlich der Beratung des Antrags der Bundesregierung "Fortsetzung der Beteiligung bewaffneter deutscher Streitkräfte an der AU/UN Hybrid-Operation in Dafur (UNAMID)":

Zur Einstellung der staatsanwaltschaftlichen Ermittlungen gegen zwei Angehörige des Kommandos Spezialkräfte der Bundeswehr erklärt Winfried Nachtwei, sicherheitspolitischer Sprecher:

In dem von Winfried Nachtwei initierten Antrag "Bundeswehr - Innere Führung konsequent umsetzen" fordert die grüne Bundestagsfraktion die Bundesregierung auf, im Dialog mit Parlament und Öffentlichkeit eine integrative Sicherheitsstrategie mit zivilem Primat zu entwickeln, die eindeutige Grenzen und Voraussetzungen für Auslandseinsätze der Bundeswehr formuliert.

Folgenden Antrag "20 Jahre nach Halabja - Unterstützung für die Opfer der Giftgasangriffe" brachten Claudia Roth und Winfried Nachtwei in den Bundestag ein:

Folgenden Entschließungsantrag verfasste die Bundestagsfraktion anlässlich der Beratung des Antrags der Bundesregierung "Fortsetzung der Beteiligung deutscher Streitkräfte an der Friedensmission der Vereinten Nationen im Sudan (UNMIS)":

Volker Beck, Erster Parlamentarischer Geschäftsführer, und Winfried Nachtwei, sicherheitspolitischer Sprecher, erklären:

Folgender von Winfried Nachtwei mit initierte Antrag "NATO-Gipfel für Kurswechsel in Afghanistan nutzen" wurde am 12. März 2008 in den Bundestag eingebracht. Die grüne Bundestagsfraktion fordert in ihrem Antrag die Bundesregierung auf, den NATO-Gipfel in Bukarest am 27. April für einen erkennbaren politischen und militärischen Kurswechsel in Afghanistan zu nutzen.

"Der Bundesregierung ist es bisher nicht gelungen, die menschen- und völkerrechtlichen Bindungen und Grenzen bei Auslandseinsätzen klar zu definieren und erlaubtes von unerlaubtem Handeln deutlich zu trennen" heißt es in dem von Volker Beck und Winfried Nachtwei eingebrachten Antrag zu "Menschen- und völkerrechtlichen Bindungen bei Auslandseinsätzen der Bundeswehr". Der vollständige Antrag ist hier zu finden:

Folgender Antrag "Wehrpflichtige in Studium und Ausbildung vollständig vor Einberufung schützen" entstand unter Mitwirkung von Winfried Nachtwei: